任务一、未知传染病风险预测
1.1 关键界面风险病原循环和生态干预策略研究
研究内容：调查我国“人-动物”接触几率较大的典型关键界面，解析界面内动物活动规律及其与人的接触风险；对关键界面内人/媒介/动物进行高分辨率全病原谱研究，解析人与动物间、不同动物间病原交互传播网络，阐明病毒跨种传播规律；通过抗体高通量筛查创新技术，开展人和动物未知病原感染印迹研究；运用基因组流行病学、类器官和动物模型等评估重要病原传播和致病特征，解析风险病原时空消长动态；通过调整界面内核心宿主动物的免疫水平及生态缓冲区，构建核心宿主动物“免疫-生态”协同的风险病原传播屏障，制定综合防控策略。
任务二、新发突发传染病监测预警
2.1 传染病病原学实验室监测检测关键核心技术研究
研究内容：（1）研究开发针对易造成疫情暴发的病原体及已开展人群监测的病原体的监测检测新技术、新产品和新算法，包括基因组分析、不依赖培养的直接测序分析、多重快速核酸检测以及演化变异分析等，以支撑国家病原学多维监测的技术需求；（2）针对 20 种重要法定报告传染病、20 种国家重点监测的呼吸道疾病和腹泻相关病原体，开展基因组测序，自主建立重要病原体基因组数据库，规范各类临床样本处理、病原多重快速检测、分子分型、种系发生、演化动力等相关技术方法和参数设置，研究开发参考品，提升病原监测的标准化水平；（3）针对《人间传染的病原微生物目录》（2023 版）中尚无成熟检测手段的病原体以及具有人间传染风险的寄生虫，建立可用作核酸检测参比的单重和多重荧光 PCR 检测方法及相应参考品；（4）探索发展针对实验室和医疗废物，公交、地铁等公共交通工具，农贸市场、医疗机构、输血机构等高风险环境的监测方法，重点完善空气和污水监测技术，包括样本采集和处理、病原富集和提取以及定量检测技术，为传染病多维监测提供环境监测数据，提高监测灵敏度；（5）集成上述技术和产品，在部分地区的医疗、疾控、海关等机构进行验证示范，形成技术平台，评估其可行性和效能。
（摘自《新发突发与重大传染病防控国家科技重大专项2026年度项目申报指南》）
抗体反应组解决方案
PhIP-seq是一种基于噬菌体展示的高通量抗体表位谱绘制技术，能够以表位分辨率“扫描”人群或动物的免疫记忆，将“高通量表位谱”转化为“流行病学信息”，在新发传染病的病原发现、交叉诊断、风险预警和疫苗迭代中形成闭环技术路径，已成为应对未知疫情的核心工具之一。
Precision arbovirus serology with a pan-arbovirus peptidome.
Nat Commun 15, 5833 (2024). PMID: 38992033
研究内容：约翰霍普金斯大学团队构建了覆盖691种虫媒病毒的抗原库ArboScan，可同时检测蚊子血餐、动物血清及人群血清中的抗体反应，为虫媒病毒监测与疫苗研发提供了新工具。
Viral epitope profiling of COVID-19 patients reveals cross-reactivity and correlates of severity.
Science 370, eabd4250 (2020). PMID: 32994364
研究内容：哈佛大学医学院研究团队利用PhIP-seq技术对COVID-19患者的血清进行系统性剖析，绘制了SARS-CoV-2的系统性表位图谱，揭示了与其他冠状病毒的广泛交叉反应性，以及抗体应答与COVID-19严重程度的关联，并由此开发出高特异性的诊断工具，为疫苗与免疫学研究提供了关键参考。
Cross-reactive antibodies against human coronaviruses and the animal coronavirome suggest diagnostics for future zoonotic spillovers.
Science immunology vol. 6,61 (2021): eabe9950. PMID: 34326184
研究内容：以色列科学研究所团队使用PhIP-Seq技术分析比较了269名COVID-19康复患者与260名未暴露对照组的的抗体谱，揭示了人类冠状病毒（hCoVs）和动物冠状病毒（aCoVs）之间的抗体交叉反应性，为未来人畜共患病的早期诊断提供了潜在的新策略。
Measles virus infection diminishes preexisting antibodies that offer protection from other pathogens.
Science 366, 599-606 (2019). PMID: 31672891
研究内容：哈佛大学研究团队通过PhIP-seq技术检测77名感染麻疹儿童及对照人群的抗体谱，发现感染后儿童体内病原体表位数量、抗体丰度及滴度显著下降，显著削弱儿童对其他病原的既有抗体保护，并在恒河猴模型中验证了麻疹病毒削弱免疫记忆的能力，强调疫苗接种对维持免疫力的重要性。
PhIP-seq在新发传染病方向的应用前景
针对人群、家畜、野生动物及媒介（如蚊、蜱）样本进行抗体检测，建立“跨界面”的暴露谱库。一旦在人群中出现与动物高频抗体表位相同的新信号，可提示可能存在“桥接感染”，触发溯源调查。
定期更新动物病原肽库，识别可能与人类存在交叉反应的肽段，辅助发现“潜在新病原”，并为疫苗或被动免疫策略筛选候选表位。
在出现不明原因呼吸道或发热病例时，PhIP-seq可捕捉到特定病原的“新近免疫信号”，即便尚未分离病毒，也能为疫情溢出提供早期警示。
PhIP-seq技术就像是疫情的“免疫雷达”，能在病毒尚未完全显形之前，透过抗体信号捕捉潜在风险，为国家重大专项提出的风险预测与监测预警目标提供了精准而有力的工具。
